כשהוא בן 29 בלבד, לאחר קריירה לא מוצלחת ככדורגלן מונה לנדאואר לנשיא המועדון. תפקיד אותו נשא ארבע פעמים שונות בין השנים 1913 ל-1951.
כאשר המפלגה הנאצית עלתה לשלטון לנדאואר הודח ע"י המשטר הנאצי מתפקידו כנשיא הקבוצה. ב-1938 נשלח למחנה הריכוז דכאו שם שהה כחודשיים. לאחר התערבות בכירים במועדון והפעלת לחץ, בעיקר בשל העובדה שהוא לחם במלחמת העולם הראשונה הוא שוחרר והוברח לשוויץ. ב-1947 הוא חזר לכהן כנשיא המועדון.
בשנותיו במועדון באיירן החלה להפוך לאימפריה בכדורגל הגרמני. ב-1932 באיירן זכתה באליפות הראשונה שלה.
עם עלייתה של המפלגה הנאצית לשלטון כל מועדוני הכדורגל בגרמניה ובהם גם באיירן מינכן, עברו רפורמות והוחזרו למעמד של "כדורגל חובבני" , הרחק מהעולם המקצועי. המשטר הנאצי טען שהכדורגל המקצועי הוא למעשה "קנוניה יהודית" וכי באיירן מינכן הוא "מועדון יהודי".
אחותו של קורט, חני לנדאואר, הייתה היחידה ששרדה את המלחמה. היא התחתנה עם עורך הדין יוליוס סיגל וברחה לארץ ישראל (פלסטינה) ב-1934. באמצע שנות ה-50 שב בנם של השניים למינכן. אורי סיגל עדיין מתגורר בגרמניה. לעיתון ספורט גרמני סיפר כי "עבור הדוד שלי, הדבר היחיד שהיה קיים היא באיירן מינכן."
לנדאואר חזר למינכן, משוויץ, ביוני 1947, היישר לתפקידו כנשיא הקבוצה. עם כניסתו לתפקיד הוא כתב לכוחות בעלות הברית ששלטו במדינה: "אנו נותרים נאמנים למסורת של המועדון, נמשיך לסייע לכם במאמצים לשיקום המדינה".
כמה שבועות אחרי שהנאצים נכנעו, הזכיר לנדאואר לראש עיריית מינכן את סלידתו וסלידת המועדון מהמשטר הנאצי. "כמועדון יהודי שסירב להיות מונהג בידי המפלגה הנאציונל-סוציאליסטית, עברנו רדיפות בכל רמה ובכל האמצעים", כתב.
המועדון הבווארי מקיים בכל שנה טקס זיכרון ביום השואה הבינלאומי וביציע אפשר לראות דגל ענק עם תמונות של לנדאואר, וכן בכל שנה טורניר אוהדים לזכר.
כאוהד של באירן מינכן, מאד התרגשתי לקרוא את הכתבה על קורט לנדאואר . כשליח קק״ל. בגרמניה, נכחתי בטקסים לזכרו במחנה הריכוז דאכו בנוכחות של פרנץ בקרנבאור, קארל-הינץ רומניקה ואולי הונס.