בשביעי ביולי 2003, בגיל 15 שנים ושלושים וחמש ימים, ערך אגוארו את הופעת הבכורה שלו בבוגרים של אינדפנדיינטה במשחק שנערך נגד סן לורנסו. בכך הפך קון אגוארו לשחקן הצעיר ביותר ששיחק בליגה הארגנטינאית כשהוא שובר את השיא שהיה שייך למראדונה. הוא שיחק במדי הקבוצה 54 משחקי ליגה, כבש 23 שערים. השער המפורסם ביותר היה בדרבי מול ראסינג קלוב לאחר שלקח את הכדור ממחצית המגרש וכבש תוך כדי שהוא עובר את כל שחקני ההגנה בכדרור מדהים. ב-2006 אתלטיקו מדריד קנתה אותו ב-23 מיליון יורו שיא מועדון להעברה בזמנו.
אגוארו ביחד עם פורלאן, גם חלוץ דרום אמריקאי ענק, הובילו את אתלטיקו במשך כמה שנים להישגים יפים. ב-2011 הוא הועבר לסיטי במחיר אסטרונומי 44-מיליון יורו. אגוארו הוחתם במטרה שיוביל את הקבוצה לצמרת הליגה, אבל חשוב מכך לצמרת הארופאית. באותה עונה הוביל את סיטי לאליפות הפרמייר ליג. רגע השיא של אגוארו באותה עונה ואולי בקריירה שלו כולה, היה במחזור האחרון נגד ק.פ.ר בו אגוארו הבקיע את שער הניצחון של מנצ'סטר סיטי בתוספת זמן כשהתוצאה בסיום 3-2 ומנצ'סטר סיטי זכתה באליפות הפרמייר ליג. אגוארו סיים את העונה עם 30 שערים בכל המסגרות ב-44 המשחקים. מתוך 30 השערים, 23 היו שערי ליגה, אגוארו סיים במקום השלישי בטבלת המבקיאים של הפרמייר ליג שרק ווין רוני ורובין ואן פרסי הקדימו אותו.
אבל בליגת האלופות הקבוצה לא הצליחה לעבור את שלב הבתים עד עונת 2013-2014 כשסיטי לראשונה העפילה לשלב השמינית אבל הודחה. במהלך עונה זו אגוארו סבל מפציעות חוזרות בשריר הירך האחורי. למרות הפציעות הכרוניות, הצליח אגוארו לכבוש 28 שערים ב-34 משחקים בלבד בכל המסגרות. הוא הוליך את מנצ'סטר סיטי לזכייה שנייה בשלוש שנים באליפות בעונה לאחר מכן כבש אגוארו 24 שערי ליגה במדי וסייע לה לסיים במקום הרביעי בטבלה. בנוסף הגיע סוף סוף ההצלחה באירופה שככל כך ייחלו בסיטי כשהקבוצה הדיע עד לחצי גמר ליגת האלופות שבו הפסידה סיטי 1:0 לריאל מדריד בסיכום שני המשחקים. בעונה האחרונה פפ גווארדיולה במטרה להביא את גביע האלופות, אבל גם ניסיון זה כשל כשסיטי הודחה על ידי מונאקו המפתיעה, כשגם בליגה ההצלחה לא הגיעה כשרק במחזור האחרון סיטי הבטיחה את מקומה ב-4 הראשונות.
השנה אגוארו שיחק 31 משחקים וכבש 20 שערים העונה החלשה ביותר במדי סיטי. האם עכשיו לפני שהוא מחליף עשור הוא צריך למצוא בית חדש או בכלל לחזור לבית הישן. אין ספק שפפ הונחת בסיטי זה לא לעונה אחת, אין ספק שהוא בא לבנות משהו לשנים, השאלה מבחינת אגוארו האם הוא יכול להיות זה שיוביל. השנים האחרונות לימדו שאגוארו בליגה הוא יתן מה שצריך אבל השאלה אם באירופה זה מספיק. מה שבטוח לפפ זה לא מספיק. האם מעבר לקבוצה כמו ריאל מדריד שם ישמש כינור שני ושלישי יותר מתאים? או שבכלל חזרה לאתלטיקו מדריד המקום הראשון שלו באירופה יותר מתאים? מה של יהיה אגוארו צריך לבחור.
אגוארו כבר הוכיח את היכולות שלו בספרד, אבל לא הוכיח את היכולות שלו להוביל קבוצה לזכייה בגביע האלופות. זה מביא את המסקנה שכנראה זה לא מספיק כנראה הוא צריך לעבור לקבוצה אחרת שבה ישמש כשחקן משני, אבל בתפקיד הזה הוא יביא יותר תועלת. יש תחושה של מיצוי בסיטי שהוא הגיע איתה הכי רחוק שאפשר, שעכשיו צריך מקום חדש.
אוגארו מבחינתו צריך לחשוב יותר בכיוון של הליגה הספרדית, ליגה פחות קשוחה שם הוא יפצע פחות וגם יאריך לו את הקריירה בטופ.
אין ספק שכל אחת משלושת הגדולות יקפצו אליו. ריאל מדריד תשמח לקבל אותו. גם ברצלונה צריכה דם חדש השאלה האם הוא יכול להשתלב בטריו של ניימאר, מסי וסוארס.
או בכלל לחזור לאתלטיקו. אבל באתלטיקו שוב לא ברור האם הוא מספיק טוב להוביל אותה לקפיצת המדרגה של מכמעט, לזכייה.
לכן המקום העדיף לאגוארו זה ריאל מדריד, מקום שבו יוכל לפרוח ליד רונאלדו ובייל ומודריץ, אבל האחריות לא תהיה אליו. בברצלונה זה יהיה מסובך מדי לא ברור שישי מקום למרות החברות הקרובה למסי.
