הדרך בתור שחקן לא קרנה לעברו לאחר שמצא את עצמו מסיים את הקריירה בגיל 26 בעקבות פציעה כאשר שיחק בליגה השלישית בספרד אך כל זאת ככל הנראה קרה לטובה. בהמשך חייו פנה לקריירת האימון, מצא את עצמו מנווט בין מועדונים, בין הצלחה לכישלון, כאשר נגע במועדונים הגדולים באירופה אך מרבית ההצלחה הגיעה מהקבוצות הקטנות, ללא הלחץ והדחף לתארים. כן כל מי שתהה אנחנו מדברים על המאמן היחיד שזכה בליגת האלופות, ליגה אירופית, סופרקאפ אירופי ואליפות העולם לקבוצות, רפא בניטס שחוגג היום יום הולדת 57.
לאחר שאולץ לפרוש בגיל 26 בעקבות פציעה, בניטס הצעיר התמנה למאמן הנוער של ריאל מדריד שם זכה להצלחה רבה כאשר זכה בשלושה אליפויות, גבר על ברצלונה פעמיים במסגרת גמר הגביע עד גיל 19. ב-1994 בניטס קיבל קידום בקריירה כאשר התמנה כעוזר מאמן ריאל מדריד דאז, וינסנט דל בוסקה. נגיעותיו הראשונות בקבוצה בוגרת נחלו כישלון כאשר פוטר מתפקידו הראשון בריאל ויאדוליד לאחר שהקבוצה רשמה שני נצחונות בלבד ב-23 משחקים ומצאת את עצמה עמוק בתחתית הטבלה. גם התחנה הבאה לא הניבה פירות למאמן הצעיר כאשר התמנה לאוסאסונה מהליגה השניה ופוטר לאחר שהצליח להביא ניצחון אחד בתשעה משחקים. התחנה השלישית בקריירה גם היא הייתה, איך לא, בליגה השנייה בספרד בקבוצה אקסטרמדורה. אך בקבוצה זו בניטס מצא את ההצלחה שחיפש לאורך הדרך והעלה אותם ליגה מהמקום השני עם 23 נצחונות ב-43 משחקים. לאחר עונה אחת בליגה הראשונה הקבוצה נשרה בחזרה לליגה השנייה ובניטס יצא לחופשה של שנה בה יצא ללמוד באנגליה ואיטליה. לאחר מכן בניטס חזר לספרד לטנריפה ועזר להם לעלות ליגה מהמקום השלישי.
נקודת המפנה בקריירה של בניטס קרתה כאשר התמנה למאמנה של ולנסיה הגדולה בשנת 2001 כאשר הבעלים ראה בבניטס פוטנציאל להצעיד את הקבוצה קדימה בקריירה. בניטס קנה כבר מההתחלה את חיבת האוהדים כאשר טען שהקבוצה תציג כדורגל התקפי וסוחף תחתיו. כבר בשנת 2002 הגישה השתלמה וולנסיה זכתה באליפות לראשונה מזה 31 שנה כאשר גברה ב-7 נקודות פער מסגניתה דפורטיבו לה קורוניה. עונה לאחר מכן הגיעה האכזבה כאשר ולנסיה סיימה במקום החמישי כ-18 נקודות פער מהמקום הראשון בו שהתה ריאל מדריד ואף הודחה בשלב רבע גמר ליגת האלופות על ידי אינטר. בעונותו האחרונה בקבוצה בשנת 2003 בניטס רשם את ההישג הגדול ביותר כאשר זכה באליפות נוספת ואף גבר בגמר הליגה האירופית 2-0 על מרסיי הצרפתית.
ב-16 ליוני 2004 התמנה בניטס למאמנה של ליברפול באנגליה והיה המאמן הספרדי הראשון אי פעם בפריימר ליג. בניטס אימן את הקבוצה כ-6 שנים אך לא הצליח להניף את תואר האליפות באנגליה עד כה. עונתו הראשונה בקבוצה עסקה בעיקר בניסיונות להשאיר את סטיבן ג'רארד ומייקל אואן כאשר עם הראשון הצליח אך השני מצא את עצמו בריאל מדריד. עוד מהלכים שעזרו לקבוצה בעתיד הלא רחוק היה צירופו של צ'אבי אלונסו לקבוצה והתקדמותו של ג'ימי קראגר משחקן פשוט לאחד מגדולי הבלמים באירופה. את העונה סיימה הקבוצה במקום החמישי אך הגיעה לגמר הגביע שם הפסידה לצ'לסי. בגזרה האירופאית ליברפול נחלה הצלחה רבה כאשר הגיעה לגמר ליגת האלופות נגד מילאן. הגמר עלה על כל הציפיות כאשר במחצית ליברפול הייתה בפיגור 3-0 אך חזרה ובגדול ל3-3 ולבסוף גברה 3-2 בפנדלים. בניטס המאמן השלישי בהיסטוריה שזכה בליגת האלופות עונה לאחר שזכה בליגה האירופית. עונה לאחר מכן ליברפול זכתה בגביע האנגלי וסיימה במקום השלישי בליגה ובניטס המאמן היחיד בליברפול שהביא תארים בשני עונותיו הראשונות בקבוצה. בשנת 2007 ליברפול הגיעה בשנית לגמר ליגת האלופות שם שחזרה את המפגש מול מילאן אך הפעם מילאן יצאה עם ידה על העליונה כאשר גברה 2-1. בעונת 08/09 ליברפול התקרב לתואר הנכסף אך בגלל מספר מעידות, הם מצאו את עצמם במקום השני לראשונה בעידן בניטס כ-4 נקודות אחרי יונייטד האלופה. באותה שנה בניטס חתם על חוזה חדש לחמש שנים. עונה לאחר מכן, כאשר מכר את צ'אבי אלונסו לריאל מדריד הקבוצה החלה לאבד גובה וסיימה את העונה במקום השביעי ואף לא התקדמה בליגת האלופות. בתום אותה עונה (03/06/10) הוחלט להיפרד מבניטס והוא קיבל פיצוי בסך שישה מיליון ליש"ט.
מספר ימים לאחר שפוטר מליברפול נקרא בניטס למילאנו להתמנות כמאמנה של אלופת אירופה דאז אינטר לאחר עזיבתו של המיוחד ז'וזה מוריניו לריאל מדריד. בניטס הצליח לגבור בסופרקאפ האיטלקי על היריבה רומא 3-1 אך בסופרקאפ האירופי הקבוצה נכנעה לאתלטיקו מדריד. בנוסף לכך הקבוצה זכתה בגביע העולם לקבוצות. תחילת העונה לא האירה פנים לעברו של בניטס ובדצמבר הקבוצה מצאה את עצמה במקום השישי בטבלה. בניטס סיים את דרכו בקבוצה מוקדם מן הצפוי בדצמבר 2010 כאשר דברי מחלוקת בינו לבין הבעלים בנוגע לרכש שלחו את המאמן הוותיק הביתה לאחר מספר חודשים. שנתיים לאחר כישלונו באינטר התמנה בניטס בנובמבר 2012 למאמנה הזמני של מחזיקת ליגת האלופות צ'לסי. העונה הייתה חלוקה כאשר הקבוצה לא שמרה על עקביות ואף הודחה מליגת האלופות לאירופית. צ'לסי סיימה את הליגה במקום השלישי וגברה בגמר הליגה האירופית 2-1 על בנפיקה. בתום אותה עונה צ'לסי ובניטס "נפרדו כידידים" כאשר המאמן לא היה חביב הקהל בסטמפורד ברידג'.
חזרה למסלול ההצלחה הייתה כאשר חתם לשני עונות בנאפולי האיטלקית. כבר בעונה הראשונה הניב את הפירות כאשר הקבוצה סיימה את העונה במקום השלישי וזכתה בגביע האיטלקי. שנה לאחר מכן סיים את חוזהו בקבוצה וסלל את דרכו אל עבר ריאל מדריד, מהלך שעורר ספקות רבות מצד האוהדים. לאחר שישה חודשים בתפקיד בניטס סיים את דרכו אצל הבלאנקוס כאשר מערכת היחסים עם השחקנים אינה הייתה בשיאה וריאל מדריד הוצבה במקום השלישי בטבלה.
ב-11 למרץ 2016 בניטס התמנה למאמנה של ניוקאסל יונייטד שהייתה מצויה עמוק במאבקי התחתית. למרות רצף 5 הניצחונות ללא הפסד הקבוצה נשרה לליגה השנייה תחת בניטס אך הצלחת הקבוצה מאז הגעתו גרמה להישארותו. כיום הקבוצה נמצאת במקום השני בצ'מפיונשיפ כ-2 נקודות פחות מהמוליכה ונמצאת בדרך הבטוחה לפריימר ליג.
על פי דעתי לאור מצבו של בניטס הוא נראה למרבית אוהדי הכדורגל כמאמן של הקבוצות הגדולות וגם ניתן לראות זאת תחת הצלחתו בנאפולי וניוקאסל ובכישלונותיו בריאל מדריד ובאינטר. לבניטס אין צורך לאמן עוד בקבוצה גדולה וכדאי לו לנסות להתמקד בקבוצות כמו ניוקאסל וכו. אם לסטר סיטי מחפשת את הראניירי הבא שלה אני ממליץ לה לבחון את מועמדתו של בניטס לתפקיד ואולי אף הוא יזכה לראשונה בתואר אליפות הפריימר ליג.
בנימה אופטימית זו נאחל לו מזל טוב והצלחה בהמשך הקריירה.